مهام قسم عمليات الطيران كالتالي:
1. تقديم توصيات إصدار شهادات تشغيل الناقل الجوي ومواصفات عمليات الطيران المرتبطة بها بدءا من القيام بعمليات الفحص الفني المتكاملة لضمان تصحيح أي خلل يتم العثور عليه خلال عمليات التفتيش قبل إصدار هذه الشهادة.
2. تقييم الاحتياجات التقنية لعملية إصدار شهادات تشغيل الناقل الجوي وتقديم توصيات تجاه التحديثات أو التطورات الهامة المطلوبة.
3. فحص وتقييم كافة الجوانب العملية لحاملي شهادات تشغيل الناقل الجوي لضمان امتثالهم للقوانين المحلية والدولية والتشغيلية.
4. تقديم التوصيات في الحالات الخاصة في ضوء عمليات الفحص الناتج عنها تعديلات, أو إضافة أو إلغاء لأي من الامتيازات الواردة في شهادات تشغيل الناقل الجوي المجازة عند الضرورة .
5. تقييم طلبات اعتماد مؤسسات التدريب المختصة بتدريب الطيارين و الكوادر الجوية التي تحتاج لرخص لممارسة نشاطاتها طبقا لإجراءات القسم المعتمدة بما تشمله من فحوصات دورية ميدانية.
6. تقييم واعتماد تعديلات قوانين التشغيل والقوانين الأخرى لدي المشغلين الجويين بالدولة حيث يتم التصديق عليها بعد التأكد من مطابقتها لقوانين ومعايير السلامة الجوية.
7. المشاركة في لجان التحقيق لحوادث الطائرات ،بما تتضمنه من إجراءات وتأمين حفظ المستندات وتقارير الحوادث.
8. المشاركة في الاجتماعات واللجان الداخلية والخارجية المتعلقة بطبيعة عمل قسم عمليات الطيران.
9. تقييم واعتماد أجهزة محاكي الطائرات المستخدمة في تدريب الكوادر الجوية.
10. تقييم طلبات الاعتماد لتصاريح حمل البضائع الخطرة للمشغل الجوي والتأكد من مطابقته للأحكام والقوانين السارية ، بالإضافة لتقييم وفحص وإصدار الرخص لكل المؤسسات التدريبية التي تقوم بعملية التدريب في هذا المجال.
11. اعداد واقتراح اي تعديلات للقوانين واللوائح الخاصة المتعلقة بعمليات الطيران، و اصدار القوانين و الكتيبات التوضيحية حول قوانين وتشريعات عمليات الطيران المطلوبة للحصول علي تراخيص المشغل الجوي.
12. التأكد من التطبيق والامتثال لجميع القوانين واللوائح السارية, واقتراح اي اجراءات إلزامية.